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隨著測序技術的快速更新迭代，新的測序技術在出現后的幾年時間里產生了大量的高通量數據以供研究者們進行科學問題的研究探討。如今多如牛毛的單細胞文章就是單細胞測序技術帶來的影響，這個過程的周期也不斷在縮短。很多臨床或者基礎研究的粉絲因為對測序行業不了解或者不知道數據怎么為我所用，至今還可能停留在芯片、組織測序上，對單細胞測序、空轉測序還知之甚少，但是緊跟時代和熱點才是贏得審稿人青眼相看的關鍵。今天就給大家分享一個利用單細胞數據做科學研究的思路，感興趣和不感興趣的小伙伴們都要記筆記了。
腫瘤細胞與免疫系統的復雜互作貫穿了整個癌癥的發生發展過程。在免疫系統的選擇壓力下，腫瘤經歷“免疫編輯”過程，從一開始的“免疫清除”階段，逐步累積基因組變異，達到與免疫系統相抗衡的“免疫平衡”階段，基于突變獲得生長優勢的腫瘤細胞群體得以保留和增殖，最終到達“免疫逃逸”階段。其中，腫瘤細胞和CD8+ T細胞之間的復雜互作被證明能夠導致患者預后以及治療應答產生顯著差異。然而由于細胞空間分布和功能狀態的高度異質性，腫瘤細胞與微環境各種細胞組分之間是否存在互作，并且這種互作如何進一步影響患者的臨床結局仍是未知的。因此，該課題研究目的在于挖掘腫瘤微環境中關鍵的細胞互作，了解互作過程中起到橋接作用的受體-配體互作對，篩選對患者臨床結局有影響的細胞互作過程，以幫助理解腫瘤-免疫互作分子機制并促進癌癥免疫治療手段的應用。
聚焦腫瘤微環境關鍵的細胞互作指導預后
大綱
微環境細胞landscape
腫瘤細胞亞群的識別與刻畫
感興趣的免疫細胞亞群（例如T細胞或單核細胞）的識別與刻畫
基于配體受體互作對系統刻畫腫瘤細胞與xx免疫細胞的互作
驗證互作細胞在three-dimensional pseudo space的可接近性
基于細胞互作機制構建預后標志物
細胞互作預后標志物的應用潛能
一、微環境細胞landscape
二、腫瘤細胞亞群的識別與刻畫
三、感興趣的免疫細胞亞群（例如T細胞或單核細胞）的識別與刻畫
四、基于配體受體互作對系統刻畫腫瘤細胞與X免疫細胞的互作
五、驗證互作細胞在three-dimensional pseudo space的可接近性
六、基于細胞互作機制構建預后標志物
七、細胞互作預后標志物的應用潛能
這是一個主打腫瘤免疫微環境中細胞互作的思路，涉及單細胞及預后、免疫治療應答等分析初步評估能在7以上的水平，融合大量數據的話可能更高。思路細節不便做過多解釋，感興趣又沒有看懂的小伙伴建議掃碼私聊。
TME關鍵的細胞互作單細胞思路
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參考文獻
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals the Crosstalk Propensity Between the Tumor Intermediate State and the CD8+ T Exhausted State to be Associated with Clinical Benefits in Melanoma, Frontiers in Immunology. 2022
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals a Tumor-Reactive T Cell Signature Associated With Clinical Outcome and Immunotherapy Response In Melanoma, Frontiers in Immunology. 2022
Tumor and immune reprogramming during immunotherapy in advanced renal cell carcinoma. Cancer Cell. 2021
