掃碼聯系客服
相信小長假大家都玩的很累，所以今天就不給大家講看起來晦澀難懂高大上的生信文章了，畢竟還是有很多小伙伴剛入門生信不久，對生信還處在你認識我我不認識你的階段。所以今天分享下思路清晰明了的7+純生信文章。文章主要涉及了三個部分預后、免疫治療、潛在藥物篩選。
7+純生信分析思路詳情咨詢
掃碼聯系生信人團隊
每一種腫瘤，甚至每一位患者的腫瘤浸潤免疫細胞都存在差異，于是就有研究者根據免疫細胞浸潤的特點將腫瘤大致分為“冷”腫瘤和“熱”腫瘤，前者腫瘤中浸潤的免疫細胞少以及較多比例的是免疫抑制性細胞（Treg, MDSC），對免疫治療應答反應弱；后者腫瘤中浸潤著較多的激活性免疫細胞（CD8+ T,Th1），能對免疫治療藥物產生較好的應答反應。多項研究已確定特定基因和通路在基因上調節免疫表型可以輔助免疫治療。今天，文章就是以 12 個熱腫瘤和3個冷腫瘤免疫表型相關基因出發構建腫瘤免疫表型相關基因預后指數 (TIPRGPI)，以預測 HCC預后和免疫治療反應、和候選治療藥物。
文章思路講解
文章22年4月份發表于Frontiers in Immunology（IF: 7.561）
鑒定可預測肝細胞癌預后、免疫治療效果及候選藥物的腫瘤表型相關signature
流程圖（清晰明了，涉及內容豐富）
材料：
TCGA-LICH、ICGC-LIRI-JP、GSE14520表達譜及臨床數據
結果展示：
1、首先分析了腫瘤免疫表型相關的TIPscore與預后和免疫過程的相關性（K-M生存曲線、皮爾森相關性），結果如下圖與預后和免疫顯著相關
2、使用WGCNA識別腫瘤免疫表型相關TIPscore性狀相關的關鍵模塊（圖A-C）；對模塊基因進行富集分析（D、E）；cox+lasso篩選關鍵預后因子（F、G）構建腫瘤免疫表型相關基因預后指數TIPRGPI。
3、評估和獨立驗證集驗證TIPRGPI signature（A-D）；與其他signature預測效能的比較（E）；臨床特征與TIPRGPI 得分關聯（F）；基于不同臨床病理變量亞組的 TIPRGPI 風險評分特征預后價值分析（第二張圖）。
4、構建TIPRGPI整合的預后列線圖：單因素和多因素cox回歸分析表明TIPRGPI對于腫瘤而言是獨立的預后因子（圖A）; 構建臨床特征和TIPRGPI整合列線圖可以預測腫瘤1、3、5年的OS生存（圖B）; 列線圖與OS, DFS, PFS生存顯著相關。
5、TIPRGPI的潛在分子機制：高低TIPRGPI風險組突變基因展示（圖A-C）;共突變分析（圖E）；CNV變異分析（圖F）；肝癌核心基因在高低分組的CNV展示、表達在CNV分組見的展示（圖G、H）。
GSVA方法分析了高低TIPRGPI組間hallmark通路富集差異，16條顯著（圖A）；GSEA證實了其中的12條在高風險組中上調（圖B）；K-M曲線,評估了上調hallmark通路的是OS預后價值
6、TIPRGPI與免疫狀態相關：高低TIPRGPI風險分組間腫瘤微環境細胞（適應性免疫、固有免疫細胞、基質細胞）浸潤差異（圖A）;TIPRGPI與TME細胞的相關性分析（圖B）;TIPRGPI與TME最相關的細胞篩選（圖C）。
7、TIPRGPI是預測肝癌免疫治療敏感性的潛在因子：高低TIPRGPI風險分組間免疫檢查點的表達差異（圖A）；干擾素-γ通路marker表達差異（圖B）; m6A調控因子表達差異（圖C）；IPS評分差異（圖D）；TIDE與TIPRGPI相關性（圖E）。
8、TIPRGPI相關核心靶點識別和候選分子預測：構建PPI互作網絡根據節點度篩選核心因子，進行分子對接篩選潛在的疾病治療化合物。
結語：
今天的一文三個故事（TIPRGPI能評估）就講完了，文章一開始從“冷”和“熱”兩種免疫表型marker出發，逐步篩選相關因子構建一個可以評估肝細胞癌預后、免疫治療、潛在藥物的signature，在每一個層面都進行了詳盡分析，涉及分析方法也相當豐富，文章故事邏輯清晰合理，所以一點實驗都沒加也能到7分。趕緊把筆記做起來，不會做筆記的掃碼上車。
7+公共數據庫挖掘純生信分析
掃碼獲取
