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近來，有小伙伴提到純生信的文章不好發(fā)了。今天為大家分享一篇純生信，公共數(shù)據(jù)13分的文章，看看純生信文章是怎么到10+的。
褪黑素作為一種內(nèi)源性激素，在腫瘤中扮演了非常重要的角色。然而，褪黑素在癌癥中的調(diào)控機(jī)制尚不清楚。作者以此為背景，基于泛癌分析，揭示了褪黑素調(diào)控因子在腫瘤中的基因組和臨床特征。文章條理清晰，邏輯緊密，非常值得學(xué)習(xí)。
文章十月份發(fā)表在JOURNAL OF PINEAL RESEARCH（IF: 13.007）。
Pan-cancer analyses reveal genomics and clinical characteristics of the melatonergic regulators in cancer
泛癌分析揭示了褪黑激素調(diào)控子在腫瘤中的基因組和臨床特征
摘要：
褪黑素，作為一種內(nèi)源性激素，在腫瘤中發(fā)揮著重要的作用。除了在調(diào)節(jié)晝夜節(jié)律，睡眠和神經(jīng)內(nèi)分泌之外，褪黑素在多個(gè)生存相關(guān)通路發(fā)揮功能。然而，腫瘤中褪黑素調(diào)控機(jī)制尚不清楚。作者在33個(gè)癌癥中對(duì)褪黑素調(diào)控子進(jìn)行了綜合表征。通過基因組，轉(zhuǎn)錄組，蛋白組，表觀組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合非編碼RNA和藥物基因組數(shù)據(jù)揭示了褪黑素調(diào)控子的基因組改變和臨床特征，識(shí)別了潛在靶向褪黑素調(diào)控子的藥物。為腫瘤臨床治療提供了一種新的可能。
材料方法：
GTEx正常組織表達(dá)數(shù)據(jù)；TCGA mRNA/miRNA, methylation, SNV, CNV, clinical數(shù)據(jù)；TCPA蛋白數(shù)據(jù)；GDSC藥物敏感性數(shù)據(jù)
Pathway score；network；subtype
結(jié)果：
1.褪黑素調(diào)控子基因集表達(dá)和亞型分析
2.褪黑素調(diào)控子體細(xì)胞突變
3.褪黑素調(diào)控子拷貝數(shù)變異
4.褪黑素調(diào)控子甲基化分析
5.miRNA調(diào)控分析
6.通路活性分析
7.藥物敏感性分析
文章主要基于TCGA 33個(gè)癌癥的數(shù)據(jù)，從表達(dá)、突變、甲基化、miRNA、蛋白和藥物敏感性層面，對(duì)褪黑素調(diào)控子進(jìn)行了系統(tǒng)刻畫和分析，最終構(gòu)成了這篇13分的研究。有兩個(gè)點(diǎn)值得思考，一是純生信的文章有難度但是也有潛力；二是，分析一個(gè)基因集合也沒有那么不堪。總體上還是不難的，畢竟沒有特別復(fù)雜的算法，結(jié)合具有研究價(jià)值的基因set，例如前段時(shí)間的吞噬作用調(diào)控子，相信水平不會(huì)低。
