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GEO數(shù)據(jù)庫儲存了芯片、二代測序以及其他高通量測序數(shù)據(jù)等豐富的數(shù)據(jù)。學(xué)會獲取、分析GEO數(shù)據(jù)會讓我們的科研工作更加順暢，而今天小編介紹的生信人開發(fā)的在線分析工具easyGEO(https://www.easygeo.cn)則會讓我們?nèi)缁⑻硪怼?/p>
主界面：
進入網(wǎng)址主頁我們會清晰的新增的GEO數(shù)據(jù)集及相關(guān)數(shù)據(jù)信息，并且我們可以根據(jù)自己感興趣的方向在搜索框中輸入數(shù)據(jù)集編號或者疾病等相關(guān)信息來查詢數(shù)據(jù)。
(主頁)
例如：搜索關(guān)鍵詞breast cancer
同時我們還可以對樣本數(shù)進行限制，滿足數(shù)量要求
(關(guān)鍵詞搜索結(jié)果)
例如：搜索數(shù)據(jù)集編號GSE93798
(數(shù)據(jù)集編號搜索結(jié)果)
數(shù)據(jù)集詳情信息：
點擊具體數(shù)據(jù)集內(nèi)容即可進入到數(shù)據(jù)集的介紹頁面。主體包括下列信息：
1.數(shù)據(jù)集標題、概要、樣本信息等；
2.點擊數(shù)據(jù)ID可以鏈接到原GEO數(shù)據(jù)庫相關(guān)數(shù)據(jù)集界面；
3.點擊樣本ID可以鏈接到原GEO數(shù)據(jù)庫相關(guān)樣本界面；
4.點擊下載數(shù)據(jù)可以獲得數(shù)據(jù)集樣本信息；
5.點擊數(shù)據(jù)預(yù)處理可將探針的表達轉(zhuǎn)換為基因的表達。
(數(shù)據(jù)集信息)
其中，數(shù)據(jù)預(yù)處理部分需要注意：
若數(shù)據(jù)集不需要重注釋，則只需要確定“基因名稱所在列”和“探針合并方法”（包括：均值、中位數(shù)、最大值、最小值）即可。
(數(shù)據(jù)預(yù)處理信息界面)
若數(shù)據(jù)集需要重注釋（即注釋數(shù)據(jù)并沒有給出探針與基因的對應(yīng)關(guān)系），則需要確定“探針合并方法”（包括：均值、中位數(shù)、最大值、最小值）以及序列和基因組信息“探針所在序列”和“參考基因組”。
(數(shù)據(jù)預(yù)處理信息界面)
預(yù)處理完成后，我們可以通過點擊查看結(jié)果獲得數(shù)據(jù)預(yù)處理報告，并進一步獲得表達譜和臨床信息。隨后就可以在數(shù)據(jù)分析處選擇具體分析內(nèi)容“差異表達分析”和“核心基因流程”進行分析。
（注：必須先數(shù)據(jù)預(yù)處理完成才可以進行后續(xù)的分析呦~）
(數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果界面)
差異表達分析：
1.選擇數(shù)據(jù)集，下拉選擇已預(yù)處理后的GEO數(shù)據(jù)集進行差異表達分析;
(差異表達分析-選擇數(shù)據(jù)集)
2.選擇分組，對樣本劃分組別；
選擇分組時，若在輔助分組中有符合的明確分組可以采用“快速新建”確定樣本劃分；若在輔助分組中無符合的分組要求則采用新建分組，先確定分組名稱再將樣本勾選并加入到定義好的分組信息中。其中，若有數(shù)據(jù)不符合要求可在分組完成后選擇“刪除缺失數(shù)據(jù)”即可。
(差異表達分析-選擇分組)
3.選擇參數(shù)，包括設(shè)置log2(FC)，P值和矯正后P值等參數(shù)；
(差異表達分析-選擇參數(shù))
4.差異表達分析報告，獲得詳細信息。
點擊查看結(jié)果即可獲得差異表達分析報告，進一步了解差異分析結(jié)果信息（如上下調(diào)基因數(shù)等）、火山圖、差異基因等。
(差異表達分析-結(jié)果界面)
(差異表達分析-分析報告部分內(nèi)容)
核心基因流程：
1.選擇數(shù)據(jù)集，下拉選擇已預(yù)處理后的GEO數(shù)據(jù)集進行差異表達分析;
2.選擇分組，對樣本劃分組別；
3.選擇參數(shù)，包括設(shè)置log2(FC)，P值和矯正后P值等參數(shù)，并且需要生存信息；
(核心基因分析-選擇參數(shù))
4.核心基因分析報告，獲得詳細信息。
點擊查看結(jié)果即可獲得核心基因分析報告，除了包含差異分析結(jié)果信息，還包括了基于STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建PPI?絡(luò)，并?Cytoscape的MCODE插件進???挖掘獲取核心基因。并且，對核心基因采用生存分析進一步展示生存曲線。
(核心基因分析-結(jié)果界面)
(核心基因分析-報告內(nèi)容-PPI網(wǎng)絡(luò))
(核心基因分析-報告內(nèi)容-子網(wǎng)挖掘)
(核心基因分析-報告內(nèi)容-生存分析)
這么簡單易操作的在線分析工具easyGEO，生信分析小白還不趕快用起來~~~
生信人也會陸續(xù)推出更多分析工具，大家敬請期待！
