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銅死亡生信分析課程上新
好多人說銅死亡是不是爛大街了。
22年最重磅的熱點是什么，答案肯定是science推薦的銅死亡。
當然22年3月開始到現在，一年的時間內，關于銅死亡的文章，有很多。
所以才會有這樣的聲音。
生信挖掘的文章也有很多，以pubmed檢索為例。
22年直接279篇，23年才一個季度，就已經184篇了。
我們看鐵死亡，自從發現到現在，每天幾千篇的文章，這個還有很大的發揮空間。
額，這個太新，距離爛大街還有很大的空間。那么這個熱點就有學習的空間。
生信人目前已有多篇銅死亡文章發表的經驗，但是覺得這個方向可以做的還很多，于是錄制了這個培訓課程。希望大家都能蹭到最新的熱點，然后多發paper。
銅死亡分型降維+單細胞分析思路
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銅死亡文章匯總，銅死亡基因集，熱點方案，熱點講解，分析代碼
那么問題來了，銅死亡有什么生物信息可以發揮的思路嗎。
當然，之前生信人公眾號就推薦過六大切入方式。
思路一、銅死亡相關signature
當我們拿到一個基因集合的時候，最基礎的思路就是基于這個基因集合進行篩選，并且構建一個signature。以鐵死亡和細胞焦亡為例，最簡單的便是構建預后signature。特點是快準狠，不到兩個月就能輕松做出一個3-5水平的結果。
這兩篇文章可以代表這個水平兩個非常經典的思路，一是基于基因集合本身進行篩選和構建signature；二是先聚類識別不同的死亡模式，再選擇不同模式間特征構建signature。同樣作為細胞死亡的銅死亡，從數據層面來總結，就是換了個基因集合而已。
思路二、銅死亡相關疾病分型
基于某個基因集合的分子分型可以很好的關聯臨床，同樣是非常經典的思路。當然與思路一的區別在于分析內容相對較多，書寫起來相對難一點。不過如果結果很好的話，是有機會沖高分的。同樣以鐵死亡和細胞焦亡為例，我們可以看到兩篇文章都在8分以上，并且來自于同一個雜志。既然編輯愿意接收，那我們換一個死亡方式為什么不試試呢？
思路三、單細胞數據出發或者單細胞聯合bulk RNA數據
單細胞雖然風頭不再，但是目前還是文章很好的加分項。以鐵死亡為例，我們可以看到，單純的單細胞數據挖掘或者聯合bulk RNA數據，能夠輕松做到6-7的水平。只不過與前兩個比起來，分析難度提升了不少。
思路四、泛癌分析
針對某個基因集合的泛癌刻畫現在已經趨于成熟了，基本上只要基因集合挑得好，連單細胞數據都不用加就能做到10以上。從去年的兩篇文章我們可以看到，審稿人對這種形式還是非常愿意接收的。
思路五、非編碼RNA
非編碼RNA其實都不用多說，前幾天為大家介紹的鐵死亡lncrRNA是能夠發到Nature Communications的。不過目前不建議從非編碼RNA的角度切入，畢竟到時候可能不好找證據來證明其調控作用。
思路六、銅死亡數據庫
FerrDB這個數據庫相信大家都知道，鐵死亡研究利器。雖然現在銅死亡的概念剛提出，但是如果想沖擊一下16分的NAR，現在就可以開始收集文章了。不過這個活周期較長，比較磨人，如果人手不足不建議輕易去嘗試。
各位爺，今天來著了，生信人按照腎透明細胞癌為例，錄制了常規轉錄組+單細胞的常見分析思路和講解，大家可以試著操作下，這個銅死亡方向，換個分組就能繼續。希望大家23年多蹭熱點，多發paper。
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