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一站式GEO數據分析平臺easyGEO
目前對于GEO等生物數據的挖掘會產生十分有價值的信息或成果，GEO2R等在線分析工具對于缺少編程經驗的人來說顯得尤為重要。目前針對于GEO數據挖掘的生信在線分析工具以檢索、數據可視化、差異表達分析為主，難以滿足日益增長的生信分析需求，比如生物網絡分析、模塊挖掘、生存預后分析等。
為了助力GEO數據分析、服務于廣大客戶，生信人全力打造了一站式GEO數據分析平臺easyGEO（https://easygeo.cn），集數據預處理及標準化、差異表達分析及火山圖可視化、蛋白質互作網絡構建及可視化、Hub基因識別及子網絡挖掘、生存分析（Kaplan-Meier?存曲線圖）等分析模塊于一體。用戶可以在超過25000套GEO數據集中進行自由探索，用別人的數據、別人的代碼、別人的服務器，建自己的idea、發自己的paper。接下來我們依次介紹每個模塊的功能：模塊一數據檢索，模塊二數據預處理，模塊三差異表達分析，模塊四核心基因挖掘，模塊五網站導航，模塊六工具寶典。
模塊一：數據檢索
easyGEO網站主頁展示了最新收錄的數據條目，方便用戶瀏覽和查詢數據，用戶也可以點擊查看更多進行高級檢索篩選。
高級檢索頁面可以依據疾病名稱、樣本數、發布時間、是否有生存數據進行檢索，選擇合適的數據進行探索。
模塊二：數據預處理
用戶選擇合適的數據之后，網站提供了全面的信息展示，并且可以鏈接到原GEO庫中，點擊數據預處理進行初步處理。
這里將相同基因的不用探針按照中位數進行整合。
點擊開始預處理進行操作，自動跳轉到任務界面并記錄運行信息。如果重復運行了相同一套數據，網站也會自動編號從而保證不同參數的結果存在。結束之后點擊查看結果進行下一步操作。
預處理的分析報告如下，可以下載整個表達譜及樣本信息。
模塊三：差異表達分析
進行差異表達分析有兩個入口，第一個是在任務中心頁面，選擇合適的數據集之后確定分析方法。
選擇差異表達分析，點擊下一步。
第二種進行差異表達分析的入口在網站的菜單導航欄數據分析入口。
點擊快速新建，從而選擇樣本的分組信息
在彈出的窗口中選擇樣本分組類型，這里以器官為例。
選中所有樣本，點擊下一步。
這里是差異表達的默認參數，可以修改，或直接生成報告。
差異表達分析的結果如下，在任務中心頁面也可以找到，提供了基因、log2FC、p值和校正p值，并且提供了火山圖。
模塊四：核心基因挖掘
類似于差異表達基因分析，進行核心基因分析。
選擇分組，同上。
點擊設置生存時間參數及事件。
實例設置如下，點擊生成報告。
核心基因分析的結果相當豐富，首先是差異表達分析的結果，這里不再贅述。
第二個結果，從差異表達基因中構建了蛋白質互作網絡，并且提供了網絡圖。
第三個結果是在蛋白質互作網絡中基于網絡測度識別hub基因，這樣再也不愁找不到靶點了。
第四部分結果是在hub基因的基礎之上，進行生存分析，KM曲線說明了hub基因表達水平對樣本生存預后情況的影響。
KM曲線如下圖。
模塊五：網站導航
模塊六：工具寶典
該網站有一系列兄弟網站，蘊含著豐富的工具與信息，值得大家去探索，包括文獻檢索下載、期刊查詢、科研繪圖等。
