你可以永遠相信線粒體熱點
不一樣的線粒體思路:線粒體動力學
國自然中標熱點預測:線粒體動力學
馬上就到國自然申報時間了,小伙伴們手里是否已經有準備好合適的課題打贏這場戰爭?回顧22年國自然中標情況,線粒體第三的地位在新的一年里能不能超過巨噬細胞呢?小編認為希望是很大的,原因在于22年里給大家詳細講述巨噬細胞方向時已發現大量的巨噬細胞文章,反觀線粒體與疾病之間的串擾并不像巨噬細胞那樣被研究那么透徹。

線粒體為細胞提供能量、并控制氧化還原穩態、致癌信號、先天免疫和凋亡。事實上,線粒體的生物過程和質量控制在癌癥中經常被上調。幾十年前Warburg觀察到癌癥在氧氣存在的情況下發酵葡萄糖,這表明線粒體呼吸的缺陷可能是癌癥的潛在原因。所以基于線粒體的研究依然大有可為。
線粒體動力學方向
經典與個性化
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那么今天給大家帶來的一系列線粒體思路又是怎樣的呢,當然我們不能像之前那樣收集一堆不做細節方向區別的線粒體基因無差別的放在一起做分析,這樣的分析已經有發表的文章,那么怎么做才能讓你的線粒體研究更新穎且有意義呢?

我們關注到,線粒體作為組織內穩態必不可少的能量發生器和程序性凋亡和壞死細胞死亡的通道,其核心功能使得線粒體的質量和數量需受到嚴格控制。線粒體的融合、分裂、自噬(線粒體動力學)維持著線粒體正常的形態、分布、功能和數量。線粒體的失衡通常與人類各種疾病,包括腫瘤的發生發展。所以我們把重點放在線粒體動力學的調控因子上。

小編看到這個過程的時候就在想這與m6A甲基化修飾過程調控相關酶:Writers(催化m6A甲基化的發生)、Erasers(去除m6A甲基化的修飾)和Readers(識別m6A修飾位點)不是異曲同工嗎?那么是否能把之前m6A的系列做法同樣用到線粒體動力學調控因子上呢?那么跟著小編看看怎么做吧。
思路一、線粒體動力學相關signature
當我們拿到一個基因集合的時候,最基礎的思路就是基于這個基因集合進行篩選,并且構建一個signature。以m6A為例,最簡單的便是構建預后signature。特點是快準狠,不到1個月就能輕松做出一個3-5水平的結果。

思路二、線粒體動力學相關疾病分型思路
基于某個基因集合的分子分型可以很好的關聯臨床,同樣是非常經典的思路。當然與思路一的區別在于分析內容相對較多,書寫起來相對難一點。不過如果結果很好的話,是有機會沖高分(m6A 修飾模式研究當年可是發到了MC影響因子40+的水平)。



思路三、單細胞數據出發或者單細胞聯合bulk RNA數據研究
單細胞結合bulk RNA發文是當前主流,單純的單細胞數據挖掘或者聯合bulk RNA數據,能夠輕松做到6+以上水平。只不過與前兩個比起來,分析難度提升了不少。

思路四、泛癌研究
涉及泛癌的研究影響因子肯定不低,只要基因集合挑得好有新意,連單細胞都不用加隨隨便便都是8+以上,泛癌分析就是要拼速度,不然別人做了再發就很尷尬了,審稿人對這種形式也還是非常愿意接收的。

思路五、非編碼RNA 預后signature
非編碼RNA其實都不用多說,因為研究的人并沒有那么多競爭沒那么大。唯一需要注意的就是lncRNA的隊列并不多,不好做驗證。

結語
除了為大家整理的思路之外,想抓住線粒體動力學這個點,還有非常多的角度(除了癌癥線粒體還與胚胎發育、腦、心血管等疾病相關)。隨著現在生信的發展,很多思路都非常成熟,比的就是誰更快。小編也為了方便大家評估這個方向的可行性已經整理了線粒體動力學(融合、分裂、自噬)過程的調控因子并在各個癌型中做了初步評估。想要獲取初步分析結果以及其他經典思路和個性化思路,趕快掃碼上車。
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