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最新細胞死亡方式之雙硫死亡！快人一步生信切入點！
最近，發表在Nature Cell Biology雜志上的“雙硫死亡”想必已經多次呈現在各位面前了，in one word，甘波誼和陳俊杰團隊的研究成果Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediated disulfidptosis，詳細介紹了一種二硫化物應激誘導細胞死亡的機制——Disulfidptosis（雙硫死亡），可能為新的癌癥治療策略打開大門。
雙硫死亡到底是什么？簡單來說，研究人員發現了一種先前無法解釋的細胞死亡類型：由細胞內過量胱氨酸積累引起的二硫化物應激（disulfide stress）導致的快速死亡方式。換言之，在葡萄糖缺乏的SLC7A11-high癌細胞中，大量積累的二硫化物分子導致肌動蛋白細胞骨架蛋白之間的異常二硫化物鍵合，干擾其組織，最終導致肌動蛋白網絡崩潰和細胞死亡。
Ps: 如果想看這篇文章的詳細解讀，可以網頁搜索“雙硫死亡”（“四面八方的大神已經各顯神通啦”）~
關注過公眾號文章的小伙伴應該有印象，之前已經為大家分享過非常多的細胞死亡的文章以及生信思路，例如細胞焦亡、壞死性凋亡、泛凋亡、銅死亡、失巢凋亡等等。今天給大家帶來的是“雙硫死亡“！但是，針對此次新晉黑馬，對于原文的解讀網上已經一大堆了，小編不想再浪費大家的寶貴時間，所以今天小編不解讀文章，而是跟大家聊聊生信的可切入點。
細胞死亡領域元老級別的鐵死亡、細胞焦亡、壞死性凋亡加上去年的大熱門銅死亡，各種各樣的生信分析數不勝數。雙硫死亡作為這次的新晉成員，我們可以發揮的空間真的太多了，多到選擇困難癥都要犯了。不過各位放心，小編今天從易到難為大家整理各個水平的雙硫死亡生信思路。
在這之前，先回顧整個文章的研究，從已有程序性死亡方式入手，使用抑制劑一一排除，再基于數據庫或已有研究基礎找到這種新型死亡方式的誘導因素，從而命名為“雙硫死亡”。在對于這種新型死亡方式的機制探索中，通過組學手段進行關鍵分子或關鍵通路的篩選，最后基于已有的研究背景整合推測可能機制，進行分子機制的驗證。回顧一下銅死亡就會發現，此次雙硫死亡的研究手法與銅死亡的論文居然如此異曲同工。So，生信思路現成的研究案例這不就來了！
思路一、雙硫死亡相關signature
當我們拿到一個基因集合的時候，最基礎的思路就是基于這個基因集合進行篩選，并且構建一個signature。以鐵死亡、細胞焦亡和銅死亡為例，最簡單的便是構建預后signature。特點是速度快且直切重點，不到兩個月就能輕松做出一個3-5水平的結果，運氣好投到一個潛力股期刊的話，還能借勢漲分噢。
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上述文章可以代表這個水平兩個非常經典的思路，一是基于基因集合本身進行篩選和構建signature；二是先聚類識別不同的亞型，再選擇不同亞型間特征構建signature。銅死亡已經就這么發了很多文章了。同樣作為細胞死亡的雙硫死亡，從數據層面來總結，就是換了個基因集合而已。
思路二、單細胞數據出發或者單細胞聯合bulk RNA數據
生信文章目前已經很卷了，但是單細胞依然是文章除了熱點方向之外很好的加分項。以鐵死亡為例，單純挖掘單細胞數據或者聯合bulk RNA數據，已經能夠輕松做到6-8的水平。只不過與前兩個經典方式比起來，分析難度提升了不少，也更考驗大家對于結果分析解讀的功力。
IF: 6.081
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思路三、泛癌分析
針對某個基因集合的泛癌刻畫現在已經趨于成熟了，基本上只要基因集合挑得恰當，連單細胞數據都不用加就能做到10以上。哪怕是小范圍的泛癌也可以輕松做到5起底的水平。從下面這兩篇文章我們可以看到，期刊和審稿人對這種形式還是非常愿意接收的。
IF: 13.994
IF: 12.081
思路四、雙硫死亡相關疾病分型
基于某個基因集合的分子分型可以很好的關聯臨床，同樣是非常經典的思路。當然與思路一的區別在于分析內容相對較多，書寫起來也相對復雜一點。不過如果結果很好的話，是有機會沖高分的。同樣以鐵死亡和細胞焦亡為例，我們可以看到兩篇文章來自于同一個7分以上的雜志。說明這種XX相關疾病分型的方式完全可行，那我們換一個死亡方式基因集為什么不可以呢？
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思路五、非編碼RNA
非編碼RNA不用多說，之前為大家介紹的鐵死亡lncRNA是能夠發到Nature Communications的。不過目前針對從非編碼RNA的角度切入，還是建議再等等，等到雙硫死亡被研究的相對成熟的時候，再把非編碼RNA拎出來，畢竟在初期可能不好找證據來證明其調控作用。
IF: 17.694
思路六、雙硫死亡數據庫
FerrDB這個數據庫相信大家都知道，鐵死亡研究利器，去年底已經V2版本已經正式上線。雖然現在雙硫死亡的概念剛提出，但是如果想沖擊一下19分的NAR，現在就可以開始收集文章了。不過這項工作周期較長，非常考驗耐性噢~
結語
除了前面為大家整理的六個思路之外，其實想抓住雙硫死亡這個點，還有非常多的角度，正如前文所說，留給我們的空間實在太多。而且目前很多思路都已經非常成熟，比的就是誰更快。就像別人還在品味原文研究思路的時候，我們已經快人一步梳理出了可以切入的研究角度了。不想錯過這次機會的話，趕快掃碼上車。
