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大家好，今天給大家介紹一篇發(fā)表于molecular therapy nucleic acids（IF：8.88 上漲1.8），關(guān)于肝癌免疫相關(guān)分子表型研究的文章。以往的腫瘤免疫表型要么是根據(jù)ESTMATE+免疫基因劃分要么就是免疫浸潤(rùn)水平+免疫基因劃分，今天的有哪些不一樣呢，且看分享。
1、收集了29條免疫相關(guān)通路使用GSEA計(jì)算了樣本的ssGSEA得分，接著進(jìn)行層次聚類(lèi)得到了高、中、低免疫三個(gè)免疫亞組(TCGA, LIRI_JP)
2、篩選上一步分型中顯著差異的免疫通路進(jìn)行生存分析（TCGA）
3、分析不同免疫亞型間免疫、基質(zhì)、腫瘤純度評(píng)分差異發(fā)現(xiàn)不同免疫亞型規(guī)律(TCGA, LIRI_JP)
4、分析不同免疫亞型間HLA genes表達(dá)差異 (TCGA, LIRI_JP)
5、分析H+M vs L免疫亞型間生存差異
6、識(shí)別兩個(gè)數(shù)據(jù)集中免疫分型間差異基因交集，篩選預(yù)后因子，構(gòu)建預(yù)后signature,構(gòu)建預(yù)后免疫因子和轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（發(fā)現(xiàn)IL7R 、IL18RAP 基因被多個(gè)TF調(diào)控）
7、獨(dú)立外部數(shù)據(jù)集發(fā)現(xiàn)篩選到的免疫因子與預(yù)后相關(guān)，遂作實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證（實(shí)驗(yàn)圖拿不到）
8、免疫分型間免疫浸潤(rùn)差異 (TCGA, LIRI_JP)
9、lasso構(gòu)建預(yù)后模型，及預(yù)測(cè)效能評(píng)估 (TCGA, LIRI_JP)
總結(jié)
看起來(lái)是不是很簡(jiǎn)單呢，但是發(fā)了快9分噢，羨慕羨慕?？偨Y(jié)下：1、雙數(shù)據(jù)集作分析（TCGA人群雜一些，LIRI_JP為亞洲人），并沒(méi)分主次（某些小的步驟 LIRI_JP數(shù)據(jù)集沒(méi)有使用）；2、兩套數(shù)據(jù)集結(jié)果陽(yáng)性；3、實(shí)驗(yàn)加持 生信部分總結(jié)：很簡(jiǎn)單 免疫分型+預(yù)后signature的構(gòu)建。
參考文獻(xiàn)：An immunogenomic signature for molecular classification in hepatocellular carcinoma
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