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昨天為大家介紹了腫瘤相關成纖維細胞（CAF），相信大家對CAF的背景和研究進展及潛力有了一定的了解。不過綜述歸綜述，離直接上手的分析或者引入自己的課題還是有一定的距離的。今天小編結合27分的純生信文章，為大家介紹CAF研究應該如何入手；除此之外，小編還吐血整理了目前所有的純生信為切入點的研究思路。
腫瘤相關成纖維細胞思路
火熱預定中掃碼留位
Molecular cancer純生信CAF
Cancer-associated fibroblast-derived gene signatures determine prognosis in colon cancer patients
越來越多的證據表明，基質特異性特征能夠用于結腸癌的風險評估。結腸癌間充質亞型相關基因主要由CAF和其他基質細胞表達，而非腫瘤細胞表達。因此，作者在結腸癌患者中定義了CAF衍生的基因signature，并探索其預后價值。
數據來自于先前的研究，包括CAF和配對NF的芯片數據，以及CAF和配對NF的外泌體非編碼RNA數據。GEO數據庫7套整合的結直腸癌數據。
結果
首先分別定義CAF相關signature以及CAF衍生的外泌體signature，分別探索兩個signature預后價值。此外，為了評估兩者的overlap，組合top50特征基因進行生存分析。
在晚期腫瘤和CMS4腫瘤中，CAF相關signature預后效能明顯提升
臨床決策通常是基于組織學和臨床參數，然而這些參數并不能準確預測組織學上相同的腫瘤。結腸癌的復發風險是正確制定治療指南的關鍵因素，這凸顯了研究預后和預測性標志物的重要性。該研究強調了對CAF生物標志物的持續研究，以促進預后和化療反應的異質性，并通過根據結腸癌的特定生物學特征量身定制治療來提高患者的生存期。
CAF純生信思路匯總
當然，除了molecular cancer的這篇文章，研究CAF還有很多很多的切入點。小編為大家匯總了目前所有的生信角度研究CAF的思路。
1.共表達思想
其核心思想是基于共表達網絡篩選CAF模塊，后續可以利用關鍵基因構建模型，當然也可以僅僅對關鍵基因進行功能研究和驗證
2.scRNA-seq聯合bulk RNA-seq
這種方式的核心思想利用scRNA-seq提取CAF關鍵基因，回到bulk RNA-seq進行后續刻畫
3.CAF相關cytokine
此思路沒有聚焦CAF本身，而是關注CAF衍生的細胞因子
4.CAF比例估算與分組
這種思路的核心在于使用一種或者多種計算方法評估患者CAF比例，期望區分不同的CAF亞型
5.gene set based signature
這種思路相信大家非常熟悉，基于CAF的基因集，使用非常傳統的方式構建signature
6.meta-analysis
META分析不用多說，又快又好用
總結
Molecular cancer的這篇屬于LETTER，可能會有人覺得含金量不太夠。但是，這篇LETTER至少為我們強調了CAF研究的前景。如果對CAF感興趣，小編后邊整理的六種思路，非常適合用來先練練手，5分左右還是非常容易的。最后，除了本文介紹的CAF相關研究，CAF衍生外泌體、ceRNA、單基因純實驗分析CAF等等，都是研究CAF可以選擇的點。CAF純生信10+的original article已經在路上了，歡迎大家關注后續的分享。
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