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還記得去年六月份的時候（沒錯，2021.06已經是去年了）為大家分享了細胞焦亡的專題，提到了細胞焦亡的研究潛力。在專題推出一個月之后，小編為大家整理了截止到七月十三號的所有純生信細胞焦亡文章，一共三篇。2021年已經結束了，我們再回頭看看目前細胞焦亡純生信文章的情況。
截止到2022.01.17，一共檢索到47篇純生信或者生信為主（添加少量實驗驗證）的文章，文章水平在IF 2-9；除了一篇非腫瘤疾病研究，其余的文章都是腫瘤研究；此外，出現了一篇IF 6+的泛癌分析文章。
由于涉及的腫瘤類型非常多，小編僅針對乳腺癌，為大家解析去年乳腺癌細胞焦亡的純生信文章都是如何構思的。
1.Identification of Novel Pyroptosis-Related lncRNAs Associated with the Prognosis of Breast Cancer Through Interactive Analysis
細胞焦亡和lncRNA在乳腺癌中的作用仍然具有爭議，作者以此為背景探索乳腺癌中細胞焦亡相關的lncRNA。
作者將TCGA數據分為訓練集和驗證集，基于33個文獻收集的細胞焦亡基因，構建PPI網絡并探索其功能。在abs R>0.4的基礎上篩選相關lncRNA，采用單變量cox，LASSO和多變量cox構建預后模型。在訓練集和驗證集中探索其預后效能、獨立性以及臨床特征相關性；通過GSEA和免疫浸潤探索其分子機制并使用qRT-PCR進行驗證。
2.Molecular Characteristics, Clinical Implication, and Cancer Immunity Interactions of Pyroptosis-Related Genes in Breast Cancer
細胞焦亡是一種全新的程序性細胞死亡的炎癥形式，然而，還沒有研究在乳腺癌中報道細胞焦亡相關基因的預后意義。因此，作者系統地表征了細胞焦亡相關基因在乳腺癌中特異的功能和臨床意義。
基于TCGA數據和33個文獻收集的細胞焦亡基因，作者探索了細胞焦亡的基因水平和轉錄水平，構建PPI網絡并分析其功能。采用單變量cox和多變量cox構建逐步回歸模型，在訓練集和驗證集中分析模型預后效能（DFS）、獨立性以及臨床特征相關性。通過免疫特征和GSEA解析其分子機制并構建nomogram。最后利用WB和IF進行驗證。
3.A Novel Pyroptosis-Associated Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis and Tumor Immune Microenvironment of Patients With Breast Cancer
細胞焦亡作為一種程序性細胞死亡在腫瘤發生和進展中發揮重要作用，其特點是破壞細胞膜并釋放炎性物質。然而，很少有研究在乳腺癌中聚焦細胞焦亡相關的lncRNA。作者的目的是在乳腺癌中探索細胞焦亡相關lncRNA的預后作用及其與TME的相關性。
作者將TCGA數據分為訓練集和驗證集，基于27個MSigDB獲取的細胞焦亡基因，在abs R>0.3的基礎上識別細胞焦亡相關lncRNA。采用單變量cox和多變量cox構建逐步回歸模型，使用兩套mRNA數據分析乳腺癌中細胞焦亡通路活性水平。在訓練集和驗證集中評估模型預后效能和獨立性，并構建共表達網絡。通過GSEA和免疫微環境探索其分子機制，并構建nomogram。
4.Comprehensive Analysis of Pyroptosis-Related Genes and Tumor Microenvironment Infiltration Characterization in Breast Cancer
免疫治療已經成為許多癌癥的重要治療策略。免疫治療的積極反應依賴于腫瘤微環境中腫瘤細胞和浸潤淋巴細胞的動態互作。細胞焦亡作為一種炎癥誘導的細胞死亡，與多種癌癥具有復雜的相關性。然而，乳腺癌中細胞焦亡與臨床預后，免疫細胞浸潤以及免疫治療響應的關系仍然不清楚。
基于TCGA數據和33個文獻獲取的細胞焦亡基因，作者探索了細胞焦亡基因的突變與CNV。合并TCGA與GEO數據之后采用無監督聚類識別不同的細胞焦亡模式，并探索組間免疫微環境和功能差異。通過PCA的方式構建單個患者細胞焦亡得分并評估其預后效能和免疫治療預測效能。
5.Identification of pyroptosis-related lncRNAs for constructing a prognostic model and their correlation with immune infiltration in breast cancer
炎癥小體依賴的細胞死亡--細胞焦亡，可能在腫瘤發生和進展中受到異常調控。LncRNA是乳腺癌核心的調節因子，具有成為乳腺癌治療診斷biomarker的潛力。作者旨在識別乳腺癌中預后相關的lncRNA以構建預后模型并探索其與免疫浸潤的關系。
基于TCGA數據和文獻獲取的33個細胞焦亡基因，在pearson.cor.p<0.05的基礎上識別16個預后相關lncRNA。采用LASSO cox構建8個lncRNA的預后模型并驗證其獨立性。通過GSEA和免疫特征解析其分子機制，最后使用qRT-PCR驗證高低分組間表達水平。
總的來說，去年細胞焦亡乳腺癌一共發表五篇文章。按照時間順序，四篇都集中在九月，一篇在十一月。LncRNA研究占3/5，添加實驗的同樣占3/5。當然了，這五篇文章水平參差不齊，有的甚至出現了圖文不對應會嚴重影響結果的情況；不過還是可以給我們一些提示，細胞焦亡的腫瘤研究潛力是巨大的！
