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科研道路千萬條，單基因研究為第一條。單基因的研究首先要做的也是最重要的就是挑選研究基因，畢竟一個有研究意義的基因直接關乎了做實驗結果的好壞以及是否能被審稿人認可。怎么從生信的角度去挑選基因和設計研究思路呢，小編從最近幾篇發(fā)表的單基因文章給大家分享下別人怎么做單基因的路子。
單基因相關表型：媲美PD-1免疫治療補充靶點：Siglec15相關表型分析
導讀：這篇文章沒有涉及一丟丟的實驗，刻畫了19年《Nature Medicine》發(fā)表的文章Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy研究的免疫治療潛力靶點Siglec-15的相關亞型，分析很簡單4.9分。選擇大于努力，科研同樣適用。
1、Siglec15表達關聯(lián)臨床表型分析
2、Siglec15相關的乳腺癌亞型識別
3、Siglec15相關的乳腺癌亞型關聯(lián)免疫浸潤
4、Siglec15相關亞型與免疫檢查點的相關性分析
5、Siglec15相關亞型關聯(lián)突變及生存差異分析
預后signature：PD-1表達和免疫浸潤相關基因預后模型
導讀：乳腺癌免疫原性較弱，突變負荷低于其他癌型，因此乳腺癌免疫治療尚未有新的進展 。一些新的研究發(fā)現(xiàn)某些患者能夠從免疫治療聯(lián)合輔助化療中受益。文章的亮點在于從PD-1和TME兩個層面篩選相關因子，去構建乳腺癌的預后signature以對預后分層。
1、分析PD-1對癌癥預后的影響以及在臨床因子中的表達情況和預后情況
2、WGCNA篩選PD-1表達相關基因
3、結合腫瘤免疫細胞浸潤篩選相關基因
4、PD-1表達和免疫浸潤相關基因預后模型構建和驗證
三、機制研究：RAD51 高表達與腫瘤侵襲性和更差預后相關
導讀：研究收集了大量的數(shù)據(jù)集：17個數(shù)據(jù)集8515樣本。從 RAD51與DNA修復機制展開研究，分析了RAD51與腫瘤進展相關通路、TME、突變、藥物敏感性、預后等層面相關性。亦是單基因純生信分析，亮點在于數(shù)據(jù)量大、邏輯層層遞進、涉及面廣。
1、RAD51基因表達與DNA損傷修復活性、癌細胞增殖、高突變頻率相關
2、RAD51高表達乳腺癌具有免疫原性并通過TME激活癌癥免疫
3、RAD51關聯(lián)藥物敏感性
4、RAD51高表達患者有更差的預后
總結：
今天分享的單基因3個思路分別研究的重點分別是：相關表型、預后signature、機制。當然，單基因研究的路子遠不止這三個，例如，之前生信人還分享過單基因的鋪平式泛癌思路。如果不會做單基因的分析，挑選一個最新報道功能強大的基因，然后換一種癌型進行分析（由于人類癌癥的異質性很大，同樣的基因在不同腫瘤中可能參與不同的功能通路）然后可以進行類比，搬運到別的腫瘤中進行分析，添加一些加分項（eg.單細胞、實驗等），言之有理即可。
單基因花式分析思路
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