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大家早上好，今天給大家分享的是Theranostics雜志（IF：11.553，去年 IF：8.57）一篇關于識別乳腺癌同源重組缺陷相關marker并發現其能增強免疫檢查位點阻斷劑治療的文章。文章結合多個數據集以及免疫治療數據集篩選了乳腺癌HRD 相關marker：CXCL10，并分析了CXCL10在免疫治療中的作用等分析。
腫瘤HRD單基因預定中
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流程圖：
數據
TCGA-BRCA：SNP arry、RNA-seq
GEO：E-MTAB-365, GSE19615, GSE21653, GSE2603，GSE31519，GSE118389（TNBC Single-cell RNA-seq），GSE124821（TNBC），Imvigor210（膀胱癌）
結果：
一、HRD亞型分析：
HRDscore亞型劃分（HRD score前20%和后20%樣本）；
亞型間基因組不穩定性signature差異（子圖A-C（TMB、MSI、FGA）；
生存分析（子圖D-E（三陰乳腺癌HRD scores > 26 vs HRD scores < 26 預后更好）；方法：K-M）
二、HRD亞型相關信號通路識別及下游靶點篩選：
1）HRDscore亞型差異基因篩選（子圖A; 方法：egdeR）；
2）GO、KEGG功能通路富集分析（子圖B-C（ytokine-cytokine Receptor、cGAS-STING pathway）; 方法：DAVID）；
3）HRD亞型相關marker識別及多數據集生存分析（子圖D-F（趨化因子CXCL10）；方法：Spearman correlation anlysis、K-M）
三、CXCL10與免疫浸潤分析
CXCL10與免疫評分、免疫細胞相關性評估（子圖A-B；方法：ESTIMATE、Spearman correlation anlysis）；
CXCL10 與抗原相關基因相關性分析（子圖C；方法：Spearman correlation anlysis）；
CXCL10 與新抗原負荷相關性分析（子圖D；方法：POLYSOLVER（計算新抗原負荷） 、Spearman correlation anlysis）
四、CXCL10與免疫治療分析
CXCL10與免疫檢查位點相關性泛癌分析（子圖A-B；方法：Spearman correlation anlysis）；
CXCL10與在免疫治療過程中表達變化（子圖C；方法：Kruskal-Wallis H test）
五、CXCL10做為潛在免疫檢查位點分析
1）CXCL10在膀胱癌免疫治療數據集中的生存分析、治療效果劃分（子圖A-C；方法：K-M、Fisher extract test、Kruskal-Wallis H test）；
2）CXCL10表達與TMB、新抗原負荷腫瘤免疫浸潤分型分析（子圖D-F；方法：POLYSOLVER、Kruskal-Wallis H test）
六、CXCL10與乳腺癌其它臨床特征的多因素cox回歸分析
總結文章到這就結束了，單基因純生信能發10+，個人認為是與免疫治療聯系上，這得益于有乳腺癌鼠的免疫治療的數據集。文章相對來說 研究方法比較簡單、緊貼HRD主體該分析的內容也都分析了。感興趣的小伙伴可以學習下。
參考文獻：CXCL10 potentiates immune checkpoint blockade therapy in homologous recombination-deficient tumors
腫瘤HRD單基因預定中
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