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最新消息，壞死性凋亡的第一篇純生信文章在十一月份發(fā)表了！
前段時(shí)間，小編從發(fā)文趨勢(shì)，分子機(jī)制，熱點(diǎn)之間的串?dāng)_等方面跟大家介紹了壞死性凋亡作為下一個(gè)研究熱點(diǎn)的可能性。當(dāng)然了，在真正的文章出來之前，相信很多人會(huì)和當(dāng)時(shí)的細(xì)胞焦亡一樣，還在觀望。壞死性凋亡的第一篇純生信文章的出現(xiàn)，相信會(huì)給與大家足夠的信心。
文章十一月份發(fā)表在Journal of Oncology（IF: 4.375）。
Necroptosis-Related lncRNAs: Predicting Prognosis and the Distinction between the Cold and Hot Tumors in Gastric Cancer
壞死性凋亡相關(guān)lncRNA：在胃癌中預(yù)測(cè)預(yù)后以及區(qū)分冷熱腫瘤
這里同樣為大家提供一個(gè)太長不看版本：
從種種跡象來看，壞死性凋亡必將是下一個(gè)研究熱點(diǎn)。目前，第一篇壞死性凋亡的純生信公共數(shù)據(jù)文章已經(jīng)發(fā)表了，并且是驗(yàn)證比較難實(shí)現(xiàn)的非編碼RNA。所以，從可行性上來說，壞死性凋亡是ok的；目前只有一篇文章出現(xiàn)，現(xiàn)在加入還不晚。
完整文章實(shí)戰(zhàn)版本：
小編將詳細(xì)為大家剖析一篇熱點(diǎn)文章如何實(shí)現(xiàn)。
背景和摘要
研究背景是文章重要的組成部分，我們一起看看這篇文章的背景和摘要的主要構(gòu)成。
第一，面對(duì)胃癌預(yù)后不良和免疫治療失敗，當(dāng)前研究試圖尋找新的潛在的生物標(biāo)志物來預(yù)測(cè)預(yù)后和精準(zhǔn)用藥來改善這種情況。
第二，大多數(shù)胃癌(GC)患者診斷為晚期，預(yù)后較差。除了不能誘導(dǎo)細(xì)胞死亡外，冷腫瘤缺乏預(yù)先存在的免疫也是免疫治療耐藥的原因。因此，研究如何加強(qiáng)胃癌的免疫治療是十分必要的。
第三，由于大多數(shù)腫瘤具有固有的凋亡抵抗，誘導(dǎo)其他細(xì)胞死亡機(jī)制，如壞死性凋亡，逐漸被認(rèn)為是有前景的治療策略。
第四，長鏈非編碼RNA (Long noncoding RNA, lncRNA)可以通過影響基因的翻譯或直接與蛋白質(zhì)和其他RNA物種相互作用來控制基因。壞死性凋亡相關(guān)lncRNA作為胃癌潛在治療靶點(diǎn)的研究尚未被廣泛提及。
材料方法：
文章使用的數(shù)據(jù)，來自TCGA和GTEx。其中TCGA數(shù)據(jù)按照1：1進(jìn)行拆分。
壞死性凋亡基因集合來自GSEA和已發(fā)表文獻(xiàn)。
LASSO cox用于構(gòu)建風(fēng)險(xiǎn)模型。
結(jié)果：
1.胃癌患者中壞死性凋亡相關(guān)lncRNA
這部分結(jié)果首先提供了文章流程圖，勉強(qiáng)算是一個(gè)結(jié)果圖。
第二部分，基于TCGA和GTEx數(shù)據(jù)識(shí)別差異表達(dá)lncRNA，使用pearson相關(guān)識(shí)別與壞死性凋亡正相關(guān)差異表達(dá)lncRNA，一共387個(gè)候選lncRNA。關(guān)于圖的展示，只提供了火山圖和部分壞死性凋亡基因與lncRNA的網(wǎng)絡(luò)圖。
2.模型構(gòu)建和驗(yàn)證
通過單變量cox識(shí)別OS相關(guān)候選lncRNA，使用LASSO cox構(gòu)建風(fēng)險(xiǎn)模型。
第一張圖選擇展示單變量cox的森林圖、表達(dá)熱圖、LASSO結(jié)果圖以及l(fā)ncRNA上下調(diào)沖擊圖。
第二張圖選擇展示訓(xùn)練集、驗(yàn)證集和合并集中模型的預(yù)后效果，同時(shí)補(bǔ)充了在常規(guī)臨床特征分組中，模型預(yù)后效果。
3.列線圖構(gòu)建和4.風(fēng)險(xiǎn)模型評(píng)估
這部分內(nèi)容并沒有說明是基于訓(xùn)練集還是驗(yàn)證集或者合并集做的。如果自己要實(shí)現(xiàn)，建議直接用合并集合做。關(guān)于風(fēng)險(xiǎn)模型評(píng)估，區(qū)分訓(xùn)練集，驗(yàn)證集和合并集展示了ROC。作者將這兩個(gè)結(jié)果的圖作為一張合圖呈現(xiàn)。
5.GSEA和6.風(fēng)險(xiǎn)分組免疫因子和臨床治療探索
這里進(jìn)行比較常規(guī)的分子機(jī)制的解析，因此區(qū)分風(fēng)險(xiǎn)分組，進(jìn)行GSEA。從GESA的結(jié)果看到富集到免疫相關(guān)通路，因此進(jìn)行了第6步免疫相關(guān)分析。免疫部分的分析，包含了其中工具計(jì)算的免疫浸潤細(xì)胞，ESTIMATE結(jié)果，免疫檢查點(diǎn)表達(dá)，基于R package預(yù)測(cè)藥物敏感性。這兩部分內(nèi)容銜接比較緊密，所以圖放一起呈現(xiàn)。
7.冷熱腫瘤區(qū)分以及精準(zhǔn)醫(yī)療分類
此部分的方法，其實(shí)匯總起來就是利用模型中包含的基因，進(jìn)行聚類將樣本進(jìn)行分組，同時(shí)與風(fēng)險(xiǎn)分組進(jìn)行比較，探索聚類分組間的免疫細(xì)胞差異，ESTIMATE差異，免疫檢查點(diǎn)和治療效果差異。從內(nèi)容上來看，和第6步類似，但是寫文章的時(shí)候，不是特別建議做這一步的分析，前后聯(lián)系不是很好。如果結(jié)果不錯(cuò)，放附圖比較好。
文章相對(duì)來說比較傳統(tǒng)，其中免疫治療效果預(yù)測(cè)部分，其實(shí)不是很建議用文章中的做法。畢竟pRRophetic預(yù)測(cè)的是化療耐藥性，以胃癌來說，本身是有免疫治療數(shù)據(jù)的，直接上免疫治療數(shù)據(jù)文章檔次會(huì)提升不少。文章最后一個(gè)結(jié)果，也不是特別建議放正文。文章雖然有兩處值得商榷的地方，而且在沒有獨(dú)立數(shù)據(jù)驗(yàn)證的情況下輕松到4+，壞死性凋亡的加成相信是有目共睹的。
參考文獻(xiàn)：
Necroptosis-Related lncRNAs: Predicting Prognosis and theDistinction between the Cold and Hot Tumors in Gastric Cancer
