先聲明，預印本本身就是沒有經過同行評議的，強調分享和開放。這個沒有錯誤，其所謂的觀點也屬于權威性不高，需要深入分析進行分辨（本文也是）。
壹
18號biorxiv 上posted一篇關于新冠病毒跟中國南方Malayan pangolins (Manis javanica)的研究分析，由于作者是管軼引起了一陣轟動，知識分子包括在內的各平臺紛紛轉發。
文章小編也看了，大概的意思是目前發現穿山甲攜帶的冠狀病毒跟新冠的相似性比較高，有可能是潛在宿主，小心從事，建議把他們從菜市場解救出來。
小編想這篇文章更多的是呼吁，解救穿山甲，其實并不支持穿山甲是中間宿主。這一結論，這個潛在自然宿主貌似也不是很有根據。石正麗課題組發表的文章，大概率上支持新冠的自然宿主應該是中華菊頭蝠的RaTG13,ncov病毒跟bat-cov RaTG13相似性最高96.2%。管的文章中系統發育樹如下，穿山甲攜帶的病毒相似性在RaTG13之外。管的文章聲稱其相似性在85.5% to 92.4%之間，低于RaTG13。所以暫時不能認為其是中間宿主（中間宿主的話，整體相似性要高于RaTG13），也不能認為其是自然宿主，相似性不是很高。但是其還是在摘要部分寫了可能是中間宿主（傾向于）。The discovery of multiple lineages of pangolin coronavirus and their similarity to 2019-nCoV suggests that pangolins should be considered as possible intermediate hosts for this novel human virus and should be removed from wet markets to prevent zoonotic transmission.biorxiv上炸開了鍋，一共有三篇文章來討論這個事情。有的比較保守，題目研究的是新冠跟穿山甲攜帶病毒相似性的問題，有的比較剛，直接題目就是論點。我們分別看下這文章，文章從系統發育樹上，都不能支持穿山甲是中間宿主。分子和系統發育分析表明，穿山甲冠狀病毒（pangolin CoV）與2019年nCoV和蝙蝠冠狀病毒都有遺傳關系，但不支持2019年nCoV直接來自穿山甲CoV。我們的研究還表明穿山甲是betacornavirus的天然宿主，有可能感染人類。
唯一的力證還是華南農業大學的2月7號發布會的證據，99%的序列相似性。目前公布的信息雖然也是穿山甲，有可能是穿山甲品種不一樣，也有可能是攜帶的病毒不一樣。還是靜靜的等官方消息吧
緊接著也是20號，官方消息來了，他們公布了《Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins》（《馬來亞穿山甲中2019-nCoV樣冠狀病毒的分離與鑒定》)在biorxiv上。在這項研究中，從馬來亞穿山甲中分離出的一種冠狀病毒亞型（Pangolin-CoV）在E，M，N和S基因中分別與2019-nCoV新冠病毒表現出100％，98.2％，96.7％和90.4％的氨基酸同一性。但是看下圖系統發育樹，臥槽，不是說99%的序列相似性嗎（這里我猜有媒體進行錯誤解讀）。怎么還不如蝙蝠。臥槽，這新聞整的的，激動死個人，如今仔細看來，貌似啥也沒有。
只是說多樣本混拼重組后相似性有這么高，單個毒株的不如蝙蝠。也就是說暫時沒有任何證據直接支持穿山甲是中間宿主（to human），說是潛在中間宿主，力度也不是很夠。21號，知識分子再發推時，對前天的文章進行了刪稿處理。但是同時還有其他的兄弟平臺，還是被官方誤導了。所有的觀點又回到了13號biorxiv推文Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV2019 ，新冠的起源還是蠻復雜的。We identified high sequence
similarity in the RBM between nCoV-2019 and a coronavirus genome reconstructed from a viral
metagenomic dataset from pangolins possibly indicating a more complex origin for nCoV-2019.至于穿山甲是不是中間宿主，新冠病毒是蝙蝠&穿山甲病毒重組，還是怎么來的，現在下結論還有點早，不過這兩天的網上還真是眾說紛紜.或許這種爭論會一直持續，直到出現新的力證......再聲明，預印本本身就是沒有經過同行評議的，強調分享和開放。這個沒有錯誤，其所謂的觀點也屬于權威性不高，需要深入分析進行分辨。（各個平臺和發布會也一樣）。
時間倉促，個人愚見，如有不同觀點歡迎留言，有不同見解者請輕拍。
過往推文
1.武漢肺炎病毒的時間生物信息學分析
2. 流行病學里的R0是什么
3.新型冠狀病毒有無可能是SARS的直系后裔
4.衛健委說武漢病毒和SARS同源性為85%，并不嚴謹
5.新冠病毒的來源，自然進化or陰謀論
6.深度長文：大瘟疫追兇
1、新科學研究發現：穿山甲是新冠病毒的潛在中間宿主有新證據，澎湃新聞。
2、華農：穿山甲為新型冠狀病毒潛在中間宿主，相似度達99%。
3、Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in
2 southern China。
4、Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) ?
5、Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan
Pangolins。
6、Pangolin homology associated with 2019-nCoV。
7、Zhou, P., Yang, X., Wang, X. et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature (2020)https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7。
8、Menachery, V., Yount, B., Debbink, K. et al. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nat Med 21, 1508–1513 (2015). https://doi.org/10.1038/nm.3985。
